原豫丰纱厂的工人党员牛小吾同志回忆说：“我于1948年4月初被捕，关在渣滓洞监狱，不久胡其芬就来了，我们同一牢室。隔壁关着许建业同志一人，重镣重铐，专门有一个特务班长看守，不准他放风，也不准我们接近。一天放风，特务班长离开了，我没走，找许建业同志讲几句话。许坐在门口，我靠在门边，他告诉我任达哉带人在茶馆里抓了他，又说他已告诉胡其芬让她把难友们组织起来。这是许建业同志亲口对我说的，所以我一致认为胡其芬是渣滓洞活动的组织者和领导者之一。”事实上，胡其芬确实也照许建业的嘱咐在监狱内进行了各种地下组织活动。她是事实上的监狱地下党组织负责人。
张坤壁同志（狱中名张秀真）回忆说：“我在雅安被捕后于5月底或6月初转押到渣滓洞监狱。当天下午，胡其芬给我介绍周围了环境、情况，还传给我一张字条。这是胡春普同志给我的，主要问我被捕的情况，叫回条，她传给男牢室转交胡春浦。……在放风时，胡春浦告诉我，胡其芬是可以信赖的，有时都可以和她商量。我从进狱到1949年1月出狱，从始至终，她给我很多帮助。”
胡其芬入狱后，注意观察环境，分析周围的人，包括监狱的看守人员。好像一个有经验的老兵，在陷入敌人重围的情况下寻找冲出包围圈的突破口。她要打通一条与外面联系的秘密通道。她看见被捕入狱的同志天天增加，知道党组织遭受了严重的破坏，但是她相信党的组织一定还在山城坚持战斗，必须找到可靠的关系同党组织取得联系。反动派倒行逆施，不得人心，不满的人到处都有，敌人的营垒不可能是铁板一块，因此总可以找到一条缝隙。她很快了解到同室难友周香泉通过监狱的医官刘石人找到堂兄的事。
周香泉来女牢最早，她怀孕在身，入狱后呕吐厉害，不思饮食。刘石人从医学观点考虑到孕妇的需要，又考虑到将来分娩怎么办，就利用看病拿药的机会在药包内包了一节铅笔，问她重庆有无亲人。周香泉第二次看病时写了回条，说她丈夫有个堂兄在南岸内二警工作，未见过面，希望帮她联系。第二天，刘石到南岸找到了她的堂兄。不久，周香泉便收到了她堂兄送来的营养食品。胡其芬根据这个情况分析：刘石人敢于违反特务的禁令，冒着极大的风险为政治犯带信出狱，至少是个富有同情心的善良人，于是她决心进行试探。
刘石人是天津人，作过童工，曾在冯玉祥的西北军军医班学习，受过抗日反蒋思想的熏陶，是一个有爱国心的军医。因为受排挤一度失业，抗战胜利后随着事业军官登记，编入军官总队，分配到“西南行营”检诊所工作。渣滓洞监狱成立分诊所，他被派来当医官。他没有参加特务组织，所以他对待“政治犯”的态度与其他特务明显有不同的态度。
胡其芬在看病的时候，塞给刘石人一张字条，上面写着：“医官，听难友说你是好人，难友们需要你帮助的地方很多，尤其我这病人，请接受我代表难友向你表示感谢！”刘石人悄悄将字条收了起来。看完病发药时，她又塞给刘石人第二张字条：“医官，不要怕！”刘石人迅速收起字条，没有声张。
几天后，胡其芬又进一步进行试探。看病时，请刘石人带一张字条到陆军医院交给大姐胡永芬，要家里带点日用品和药物。刘石人把信带给了胡其芬的大姐胡永芬，刘石人本人也见到了胡其芬的父母。胡家对刘石人十分感激，拜托他多加关照监狱中的胡其芬。刘石人把胡永芬写的回条和拖带的物品带进狱中，借看病的机会悄悄给了胡其芬。这条和狱外联系的秘密渠道就是这样打通的，胡其芬以“吉祥”名字写给狱外地下党的信就是通过这个刘石人传出去的。
监狱的情况非常复杂，当时外面送日用品监狱里的政治犯是受限制的，带信和书报更是绝对不准许的。刘石人这条渠道打通后，男女牢房找他带信的人逐渐多了起来。胡其芬发现这个情况后十分重视，经与狱中党员骨干研究后，她又给刘石人写了一张字条：“医官，大家的条子太多了，你穿着军装，不当去的地方你去了，这样对你太不利，对我们也很危险，因为我们只有你这一条路子向外联系，今后我们由几个可靠的人与你联系，集中转交来往的条子，你说好吗？”事后刘石人也确实这样做了。
胡其芬是个具有丰富对敌斗争经验的同志，为了避免暴露，她在一段时间后，改由另一位叫张坤壁的同志代替她与刘石人联系。张坤壁患肺结核病，看病拿药的机会多，即使同医官刘石人接触多一些也不易被敌人怀疑。因此这条秘密联络渠道一直隐蔽得很好，直到最后时刻也未被特务发觉。
胡其芬通过刘石人送信是十分慎重的，先是送到家里，仅限于带些生活用品之类，以后是经七星岗文通书局转吴锦再转给济民妇产科医院。经过多次考察，确认刘石人可靠，才开始让他将信直接送到济民医院的朱宝粹院长手里，然后送给中共重庆妇委的傅淑华同志那里。有一天夜晚，难友们对值班的看守说，胡其芬病了，快请医官来看病。刘石人果真来了，女共产党员李玉钿站在牢房门口佯装高声向他说：“大胡心脏病发了，快来看看！”刘石人一边应着一边走到胡其芬床前，这时胡其芬迅速塞给他一张字条，低声说：“这里有人受刑不过，咬上了外面几个朋友，请你明早把字条送出去，让他们躲避一下。”刘石人收下字条，草草“看完病”就走了。
第二天清早，刘石人将信送到七星岗文通书局。吴锦收到信，按信中的嘱咐请济民医院的张肖瑜大夫去重庆大学找一位同学，通过重庆大学“六·一社”社员赶快转移，使去重庆大学捕人的特务扑了一个空。
监狱的看守中有一个叫黄茂才的青年，出身农家，江竹筠、曾紫霞和胡其芬都对他进行了争取教育，黄茂才终于被争取过来。通过他送信给重庆大学的况蜀华，从而又开辟了另外一条与地下党组织联系的秘密渠道。解放后重新做人的黄茂才回忆起那段经历时一直还记得胡其芬等同志在监狱里对他的教育和帮助。他说：“胡其芬肯说话，她见到我总喜欢拉扯几句。看起来东一句、西一句，随便摆摊，其实都是启发我，教育我。我慢慢明白了一些道理。淮海战役后，我给他们带进了报纸，胡其芬对我说：国民党肯定要垮台，重庆肯定要解放，你是青年，跟着共产党走，为人民做了好事，将来也会欢迎你的。我原来的落后反动思想渐渐转变了，愿意为她们做点事。”
心中有信仰，更艰苦卓绝的环境也会对真正的共产党人充满乐观心态。胡其芬就这样的共产党人。对她这样的人，监狱只能禁锢她的身体，却禁锢不了她的精神和思想。阴暗潮湿的牢房里，条件十分差，可胡其芬从来没有因此产生过悲观情绪，相反她总是在同志们面前时常哼哼歌，做些小玩艺活跃气氛。她自制过一把团扇（作为烈士在狱中的唯一遗物，保存在歌乐山烈士陵园），在扇面上题写了“清风徐来”四个字，同室女囚友们总轮换着拿这把扇子鼓励自己对敌斗争。
在残酷的监狱里，有时一些年轻同志尤其是年轻的女同志没有经历过敌人的残暴行径，很难一下经得起这种特殊斗争的考验。为此，胡其芬被关进渣滓洞监狱不久，就有意识地组织女牢的难友进行辅导性的学习。首先是理想和信仰的学习。她和女牢的同志有一个共同的口号：“活着干，死了算，活着出去还要干！”所谓干，就是干革命。她和江竹筠、李青林等女党员骨干组织女难们一起学文化、学政治，用革命理论武装头脑，收到很好效果。
胡其芬喜欢唱歌，她把教难友们唱歌作为一项重要工作，一如她过去在抗日宣传中教唱救亡歌曲一样，她教难友们唱各式各样的歌：有战斗的歌，有抒情的歌，特别是解纷区和苏联的歌曲，更为难友们喜爱。其中一首《青年近卫军》的歌成为监狱里最流行的歌之一：
我们迎着曙光前进，
战斗的同志们！
敌人就要崩溃，
胜利就要来临。
快武装起来团结紧！
劳动者青年一条心，
我们是无产阶级青年近卫军！
高唱着这样的战斗歌曲，难友们的斗争意志在内心更加坚定，也对胜利更加充满信心。
对新入狱的难友，特别是缺少斗争经验的年轻同志，胡其芬总是满腔热情地关心她们，帮助她们认清形势、安定情绪的同时，教她们如何对付敌人，如何对付刑讯。比如进步女青年张坤壁在被押到渣滓洞监狱时，胡其芬就告诉她，这里要进行复审，一般不用大刑，即使弄到“二处”去用大刑也不要怕，熬过去就没有什么了。还同她谈气节问题，告诉她，哪些行为是背叛革命，是叛徒。这些话对张坤壁非常管用，使她在特务审讯前便有了思想准备。当特务提她去复审时，心里就比较镇定。当特务先叫张坤壁看老虎凳、刑架、皮鞭等刑具，企图吓唬一通时，张镇静自若地对付了过去，没有暴露党的任何机密，后来也一直挺住了敌人的种种威胁和刑拷。
在“11·27”大屠杀中幸运脱险的盛国玉，是因为丈夫被捕而牵连入狱的。胡其芬和难友们对盛国玉热情帮助，使其终身难忘。她曾这样回忆说：“她们对我像亲姐妹一样，关心我，安慰我，照顾我，使我不感觉孤独不怕。大胡（其芬）经常讲狱中斗争的情况。她说：李二（青林）被敌人的老虎?